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为了消杀病毒，各地大量使用含氯消毒剂。数据显示，全国累计对饮用水源地开展监测24703次，未发现受疫情防控影响饮用水源地水质情况。对饮用水源地余氯监测4401次，余氯有检出177次，但浓度均低于自来水厂出水标准，即0.3毫克/升。湖北省累计对饮用水源地开展监测1226次，武汉是142次，水质均达到或优于Ⅲ类标准。
生态环境部表示，目前全国医疗污水处理平稳有序，均严格落实消毒措施。31个省（区、市）及新疆生产建设兵团现有定点医院2538家，集中隔离场所4783个，接收医疗污水的城镇污水处理厂2034座。通过排查累计发现346个问题，已全部整改完成。
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